Peraturan Presiden Nomor 39 Tahun 2017 tentang UIN Sultan Maulana Hasanuddin Banten memberikan mandat dalam perluasan kajian bidang keilmuan, yang semula terfokus pada pengembangan ilmu-ilmu keagamaan dan sosial, berkembang dan menjadi kewajiban untuk mengembangkan keilmuan umum lainnya. Maka berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 39 Tahun 2019 tentang perubahan organisasi dan tata kerja UIN Sultan Maulana Hasanuddin Banten, lahirlah Fakultas Sains. Fakultas Sains untuk pertama kalinya dijabat oleh Dr. Hidayatullah, M.Pd. sebagai Dekan Fakultas berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor 169/Un.17/B.III.2/KP.07.6/02/2020 tertanggal 5 Februari 2020 dan dibantu oleh Dr. Asep Saefurrohman, M.Si. sebagai Wakil Dekan I dan Dr. Hj. Fitri Hilmiyati, M.Ed. sebagai Wakil Dekan II. Pada awal berdiri Fakultas Sains memiliki 2 (dua) program studi, yaitu Program Studi Biologi dan Program Studi Fisika. Kedua prodi ini sebelumnya menginduk ke Fakultas Tarbiyah dan Keguruan selama 1 (satu) semester (gasal), dan pada awal semester kedua (Genap) kedua prodi ini telah berdiri di bawah Fakultas Sains seiring dengan berdirinya Fakultas Sains. Saat ini Fakultas Sains dipimpin oleh Dr. Asep Saefurohman, M.Si sebagai Dekan, Dr. Eko Wahyu Wibowo sebagai Wakil Dekan I dan Dr. Shobri, S.Kom., M.M. sebagai Wakil Dekan II. Fakultas Sains saat ini sudah memiliki 5 Program Studi, yaitu Program Studi Fisika, Program Studi Biologi, Program Studi Informatika, Program Studi Matematika dan Program Studi Kimia.
Adapun operasional perkantoran Fakultas Sains dipusatkan di Gedung Baru Fakultas Sains Kampus 2 Jalan Syech Nawawi Al Bantani Kp. Andamui, Kemanisan, Curug, Kota Serang.