Struktur organisasi Fakultas Sains UIN Sultan Maulana Hasanuddin Banten dipimpin oleh 1 (satu) orang Dekan dan dibantu oleh 2 (dua) orang wakil dekan masing-masing sebagai Wakil Dekan bidang Akademik, dan Kemahasiswaan dan Wakil Dekan bidang Administrasi, Keuangan, dan Perencanaan. Fakultas Sains saat ini telah memiliki 5 (lima) program studi yaitu Program Studi Fisika, Program Studi Biologi, Program Studi Informatika, Program Studi Matematika dan Program Studi Kimia yang dipimpin masing-masing oleh Ketua Program Studi dan dibantu olek Sekretaris Program Studi. Selain itu Fakultas Sains juga memiliki 2 (dua) orang Kepala Laboratorium yang melaksanakan pengelolaan Laboratorium di Fakultas Sains.
Sedangkan dalam hal administrasi, Fakultas Sains memiliki Kasubbag Tata Usaha dan dibantu oleh 1 (satu) orang Bendahara Pengeluaran Pembantu dan 2 (dua) orang Pengadministrasi Tata Usaha. Selain itu, agar kegiatan akademik dan non akademik dapat berjalan dengan baik, maka Fakultas Sains juga mengangkat beberapa dosen Fakultas Sains untuk melaksanakan tugasnya dalam bidang kepustakaan, dan gugus mutu. Berikut nama-nama dosen yang membantu tugas akademik dan non akademik di Fakultas Sains UIN Sultan Maulana Hasanuddin Banten.