Peraturan Presiden Nomor 39 Tahun 2017 tentang UIN Sultan Maulana Hasanuddin Banten telah memberikan mandat dalam perluasan kajian bidang keilmuan, yang semula terfokus pada pengembangan ilmu-ilmu keagamaan dan sosial, berkembang dan menjadi kewajiban untuk mengembangkan. keilmuan umum lainnya. Maka berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 39 Tahun 2019 tentang perubahan organisasi dan tata kerja UIN Sultan Maulana Hasanuddin Banten, lahirlah Fakultas Sains.
Sebelum Fakultas Sains berdiri, Program Studi Fisika dan Program Studi Biologi telah mendapatkan izin operasional pada tanggal 27 Desember 2018 berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 1177/KPT/I/2018. Selanjutnya, diikuti penerimaan mahasiswa baru pada tahun akademik 2019-2020. Saat itu, kedua prodi ini berada di bawah naungan Fakultas Tarbiyah dan Keguruan.
Fakultas Sains untuk pertama kalinya dijabat oleh Dr. Hidayatullah, M.Pd. sebagai Dekan Fakultas berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor. 169/Un.17/B.III.2/KP.07.6/02/2020 tertanggal 5 Februari 2020 dan dibantu oleh Dr. Asep Saefurrohman, M.Si. sebagai Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan dan Dr. Hj. Fitri Hilmiyati, M.Ed. sebagai Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan.
Pada tahun 2021 hingga 2025 terjadi pergantian pimpinan di Fakultas Sains berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Islam Negeri Sultan Maulana Hasanuddin Banten Nomor 874/Un.17/BA.III.2/KP.07.6/08/2021 dipimpin oleh Dr. Asep Saefurohman, M.Si sebagai Dekan, Dr. Eko Wahyu Wibowo, M.M. sebagai Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan dan Dr. Shobri, S.Kom., M.M. sebagai Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan.
Pada tahun 2023, Fakultas Sains mendapatkan 3 (tiga) izin operasional program studi baru, yaitu Program Studi Informatika, Program Studi Matematika dan Program Studi Kimia. Dengan hadirnya ketiga program studi ini, maka Fakultas Sains telah menaungi 5 (lima) program studi. Semoga Fakultas ini dapat berkembang menuju akreditasi unggul.
Selanjutnya, pada tahun 2025, seiring dengan pergantian Rektor, Fakultas Sains mengalami pergantian pimpinan. Saat ini, berdasarkan Keputusan Rektor Universitas Islam Negeri Sultan Maulana Hasanuddin Banten Nomor 383/Un.17/BA.III.2/KP.07.6/8/2025 Dekan Fakultas Sains dipimpin kembali oleh Prof. Dr. Hidayatullah, M.Pd., Dr. Eko Wahyu Wibowo, M.M., sebagai Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan dan Dr. Aan Anshori, M.Kom. sebagai Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan.